ftp下载生信数据库国内镜像站
原创 师妹 R语言学徒 2023-12-21 19:00 发表于陕西
简介
您是否为速度超慢的下载而感到崩溃？有的数据库在国内还访问不了而感到恼火？那师妹今天分享的这个镜像站绝对能帮到你。
它就是国家微生物科学中心。
国家微生物科学数据中心nmdc
我们可以在首页的搜索栏，搜索想要的内容。也可以点击菜单栏的数据下载，进入数据库和数据集的目录。搜索生信数据时，看到熟悉的中文是不是感到非常亲切?
在上方有搜索栏，可以提供想要内容的关键字进行检索。
按照数据库工具资源的类型进行了分类。有序列数据库，基因组数据库，蛋白质数据库，物种，宏基因组，blast数据库，扩增子，软件包等几大类。
中间是具体数据库的信息。包括数据库的标题，描述，中英文关键字，文件大小，更新日期，以及国内镜像的下载的链接。
数据库下载
我们一宏基因组的MetaPhIAn3数据库下载为例，因为其数据库，无法在国内访问。从其官网下会非常慢。
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方法一
鼠标悬浮在下载链接旁的问好，可以看到提示我们用FTP工具下载，比如xftp或者filezilla。
打开FTP工具。
将下载链接复制到链接框，按下回车。
会弹出一个用户验证框。我们无需输入用户名和密码，直接勾选左下角的匿名登录。
之后就可以远程访问镜像站的数据文件夹了，我们可以直接拖动想要的文件到本地。在下方，可以看到其惊人的下载速度，达到了26.76 MB/s.
方法二
使用lftp命令，直接下载到服务器中。
#访问数据库。
使用ls命令能够查看到当前的数据。
我们使用cd命令,进入到blast目录当中，注意这里不像是shell中不能使用ll命令。我们可以使用ls命令查看文件。
进入到db/目录下
以下有blast的常用数据库包括nt, nr, 16s等。
可以通过mirror命令进行文件夹的下载。
Screen命令避免下载中断
我们可以使用Screen命令来避免下载大文件的中断。
Screen -S a1
创建一个名为a1的窗口。
1 | lftp download.nmdc.cn:/blast/db> mirror coronavirus/ |
在新的窗口下运行
Ctrl + A 再按d 就可以退出当前的会话，但是不会中断下载，会在后台进行下载。
会提示从会话a1断开。
通过screen -ls 可以查看当前的会话。
利用top命令能够看到它当前仍在运行。
你是否学会了呢，欢迎和师妹讨论~
师妹的云生信平台还有好用的工具嗷，同时还有很多方便实用的工具~
